Q.すべてにユニークなIDを振るような作業は必要ですか

A.いいえ、すべて同一のスクリプトを貼り付けるだけです。一括置換が可能なソフトウェアがあれば、

</body>

というタグを

<対象スクリプト></body>

と一括置換するだけで設定完了です。